Politeknik AUP memiliki tiga kampus yang berada di tiga Provinsi yang berbeda. Kampus utama, terletak di Ibukota Negara yakni di Provinsi DKI Jakarta, tepatnya di Kecamatan Pasar Minggu, Jakarta Selatan. Sebagai kampus utama, kegiatan administrasi, serta kegiatan akademik dan ketarunaan, terpusat di kampus ini. Sebagian besar asrama, kelas, laboratorium, dan sarana pendidikan lainnya berada di kampus ini.
Kampus kedua terletak di Provinsi Banten, yakni di Kecamatan Kasemen, Kota Serang. Kampus ini dikenal dengan nama Unit Praktik Lapangan Akuakultur dan Sumber Daya Perairan. Unit praktik tersebut terletak di tepi pantai, dengan fasilitas utama berupa lahan praktik untuk budidaya air payau, pengolahan ikan, dan permesinan perikanan.
Kampus ketiga, terletak di Jawa Barat, tepatnya di Kecamatan Bogor Selatan, Kota Bogor. Kampus yang berada di Bogor, dikenal dengan nama Unit Praktik Lapang Komunikasi dan Penyuluhan Perikanan (UPLKPP). Unit ini berada di lereng Gunung Salak, sekitar 4 km dari pusat kota Bogor.
Berada di lokasi yang sejuk dengan udara yang segar, unit ini sangat nyaman digunakan untuk perkuliahan dan kegiatan akademik lainnya. Tak hanya taruna/i yang merasa nyaman saat berada di kampus ini, dosen, pegawai dari unit kerja lain baik dari dalam maupun dari luar Politeknik AUP merasa nyaman saat berada di unit ini. Hal ini terbukti dengan terpilihnya Unit Praktik Lapang Komunikasi dan Penyuluhan Perikanan sebagai Unit Kerja Terbersih, Terasri, dan Teramah Lingkungan di Politeknik AUP pada ajang Jalanidhitah Sarva Jivitam Awards. Penghargaan tersebut diberikan bersamaan dengan pelaksanaan Review Kinerja Politeknik Ahli Usaha Perikanan Tahun Anggaran 2021 pada 22 Desember 2021 di Kampus Jakarta.
