Penilaian mutu terhadap Politeknik AUP selain dilakukan secara internal melalui audit akademik internal, juga mendapat penilaian secara eksternal. Selain oleh BAN-PT penilaian mutu eksternal juga dilaksanakan oleh Pusat Pendidikan Kelautan dan Perikanan. penilaian mutu oleh Pusdik KP dilakukan secara rutin setiap tahun pada bulan Mei. Penilaian mutu telah berlangsung selama 3 tahun terakhir mulai tahun 2020, 2021 dan 2022. Pada tahun 2022 kegiatan penilaian mutu telah dilaksanakan pada tanggal 17-18 Mei 2022, kemudian hasil penilaian disampaikan kepada perwakilan penjamin mutu masing-masing satuan pendidik pada tanggal 23-25 Mei 2022. Pada pertemuan tersebut disampaikan Politeknik AUP yang dinilai oleh tim penilai dari Politeknik KP Bitung memperoleh nilai 357.88 sekaligus meraih nilai tertinggi diantara satuan pendidikan dibawah naungan Kementerian Kelautan dan Perikanan. berdasarkan penilaian yang diperoleh masih ada beberapa kekurangan yang masih perlu ditingkatkan kembali terutama kriteria keuangan, sarana dan prasarana, kriteria penelitian, kriteria pengabdian kepada masyarakat dan analisis SWOT yang berkaitan dengan program berkelanjutan. Beberapa kekurangan tersebut telah dibuat rencana aksi dan tindak lanjut untuk perbaikannya.